电影《同窗》以李明勋（崔胜贤饰）为主人公，描绘了他和妹妹惠仁（金裕贞饰）在父亲被陷害致死后，命运陷入泥沼的故事。他们所经历的粗暴对待和冤屈，使他们被怀疑通敌，身陷囹圄，生活陷入困境
为了保护妹妹，李明勋不得不走上了替父亲的间谍工作的道路，从一个善良正直的青年变成了冷酷无情的间谍。他接受了残酷而严苛的训练，然后乔装打扮成高中生的模样，潜入南韩，只为了刺杀名为北斗星的技术者。
然而，在南韩的高中，他结识了名叫慧仁（韩艺璃饰）的女孩。与他的身份相对立的是，两人竟然渐渐坠入了爱河。李明勋原本以为他们的感情没有希望，但他们的爱情却是如此真挚，令他感到无法割舍。